Accession
MI0019235
Description
Arabidopsis thaliana
ath-MIR5652 precursor miRNA
Sequence
49392
reads,
235.0
reads per million, 183 experiments
caugaauuagagugUUGAAUGUGAAUGAAUCGGGCugauaucccauuuccaccaucugaccaacaagagauacggcaucugaaauccuauucccgugacagaaaccauugagcagagaguuaagcgugacaauaucgggcucauagccgaguuucaucaucuuggcaagaacagcuaaagcaagagagagcugagagcgucggcagaaacaguugaugagaauacuguauguguaaagauuaugugaaauucccaaauuuugcaucugcucgccgagagagaugacaagaUCGAACUUGUUCAUCUUAGCAAuggcacucaacaguuuacugaacucaacaaucgaagggaaaggacgagacuugaccaugucaccgaacagauuaaccgcaucaucuagcuucaaaucauuuagccuauuuaucgauauuuuucuguaaucauaucu
.((((.(((.((....((((((..((((((.(((((((................(((........)))(((.(((.(((((...((((.(((((.((((((((((..(((((...(..((((((.(((((((..(((((((...))))(((((((((.(((((.(((...((((((..(((........))).))..(((((((.......)))))))......))))...))).)))))...)))))))))....(((((((((((.(((.....)))))))).)))))))))..))).))))))))))..)....)))))..)))).)))..........)))..)))))))))...(((........)))......)))))...))).))).................)))))))))))))..))))))..)).)))))))....
.((((.(((.((....((((((..((((((.(((((((................(((........)))(((.(((.(((((...((((.(((((.((((((((((..(((((...(..((((((.(((((((..(((((((...))))(((((((((.(((((.(((...((((((..(((........))).))..(((((((.......)))))))......))))...))).)))))...)))))))))....(((((((((((.(((.....)))))))).)))))))))..))).))))))))))..)....)))))..)))).)))..........)))..)))))))))...(((........)))......)))))...))).))).................)))))))))))))..))))))..)).)))))))....
Structure
---c a g ugUU GA C uaucccauuuccaccaucugaccaacaaga a --c --------------------aaa a -g ---------- - ca -cag ga c - ua ggcucauagccgaguuucaucaucuuggcaagaacagcuaaagcaagagagagcugagagcgucggcagaaacaguugaugagaauacuguauguguaaagauuaugugaaauucccaa - g g
auga uua ag GAAUGU AUGAAU GGGCuga gau cgg aucug uccu uuccc uga cag aaac uugag a guuaag guga caa ucg auuuug caucu cuc c
|||| ||| || |||||| |||||| ||||||| ||| ||| ||||| |||| ||||| ||| ||| |||| ||||| | |||||| |||| ||| ||| |||||| ||||| ||| c
uacu aau uc uuuaua uauuua uccgauu cua gcc uagac agga aaggg gcu guc uuug aacuc u CGAUUC UACU GUU AGC Uagaac guaga gag g
ucua - g --uu gc - -------------uacuaaacuucgaucua c aau aagccacuguaccaguucagagc - aa aacaacucaa a ac acgg AA - U CA ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- a - a
Annotation confidence
Low
Do you think this miRNA is real?
Genome context
chr1: 23412989-23413436 [-]
Database links
Mature ath-miR5652-5p
| Accession | MIMAT0022424 |
| Description | Arabidopsis thaliana ath-miR5652-5p mature miRNA |
| Sequence | 15 - UUGAAUGUGAAUGAAUCGGGC - 35 |
| Evidence |
experimental
Illumina [1] |
Mature ath-miR5652-3p
| Accession | MIMAT0053950 |
| Description | Arabidopsis thaliana ath-miR5652-3p mature miRNA |
| Sequence | 291 - UCGAACUUGUUCAUCUUAGCAA - 312 |
| Evidence |
experimental
unknown |
References
|
