Accession
MI0005702
Description
Chlamydomonas reinhardtii
cre-MIR909 precursor miRNA
Sequence
guucccgcacacguggcugaaggucgcggagcucuuugccgacacgguggccauguggucccgcagcuccuugccacacgggcAUGCAAACAUGACCCUGAAUGgcccugccugcggccugccccgcuccagggccuucugcugcugauggugcagaugcggcuggUGCUGGUCAAACCGGUGGUGGuggugcuggugcuguucgggcuccugcugcaccggcaguagcgccagcagcuggagcagguacagggcggccgccagcggcagcaccaccaccaccaccaccgguucgaccagcaccagccgcaccugcaccaccagcagcggauagaaggcuccggagcggggcaggcccaggcagggccaUUCAGGGUCAAGUUUGCAUGCccguguggcaagacgcugcgguaccacauggccaccgugucggcgaagggcuccgugaccuucagccacuugugcgggaac
(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((.((.(((((.(((((...(((......))).))))).)))))........(((....)))..))))))))))).))))))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))).)))))))....))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))..))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))
(((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((..((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.((((((((((((((((.((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((.((.(((((.(((((...(((......))).))))).)))))........(((....)))..))))))))))).))))))))))))))))).))))))))))))))))).)))))))).)))))))....))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))..))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))))))))
Structure
c c uc A c a ---- a a A c u -------------------g u acc ag
guucccgcaca guggcugaaggucgcggagcucuuugccgacacgguggccauguggu ccgcagc cuugccacacgggcAUGCAAAC UGACCCUGAAUGgcccugccug ggccugccccgcucc gggccuucu gcugcug uggugcag ugcggcuggUGCUGGUC AACCGGUGGUGGuggug uggugcugu cg gcucc gcugc ggc u
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || ||||| ||||| |||
caagggcgugu caccgacuuccagugccucgggaagcggcugugccaccgguacacca ggcgucg gaacggugugccCGUACGUUUG ACUGGGACUUaccgggacggac ccggacggggcgagg cucggaaga cgacgac accacguc acgccgaccacgaccag uuggccaccaccaccac accacgacg gc cgagg cgacg ccg a
u u ca A - c uagg c c c c - gaccgccggcgggacaugga u --a cg
Annotation confidence
Not enough data
Do you think this miRNA is real?
Comments
Zhao et al. identify a pair of mature miRNA product from the 5' and 3' arms of the hairpin precursor, and named them miR909-5p and miR909-3p [1]. Molner et al. suggest that an alternative 5' product is the predominant one, named cre-miR909.1 here [2]. The Zhao et al. products are renamed miR909.2 and miR909.3 here. Molner et al. also show a number of offset and overlapping minor products originating from the same hairpin [2], but not catalogued here.
Genome context
Unknown
Database links
Mature cre-miR909.2
| Accession | MIMAT0004391 |
| Description | Chlamydomonas reinhardtii cre-miR909.2 mature miRNA |
| Sequence | 84 - AUGCAAACAUGACCCUGAAUG - 104 |
| Evidence |
experimental
cloned [1-2] |
Mature cre-miR909.1
| Accession | MIMAT0004967 |
| Description | Chlamydomonas reinhardtii cre-miR909.1 mature miRNA |
| Sequence | 167 - UGCUGGUCAAACCGGUGGUGG - 187 |
| Evidence |
experimental
cloned [2] |
Mature cre-miR909.3
| Accession | MIMAT0004392 |
| Description | Chlamydomonas reinhardtii cre-miR909.3 mature miRNA |
| Sequence | 370 - UUCAGGGUCAAGUUUGCAUGC - 390 |
| Evidence |
experimental
cloned [1] |
References
|
